Zarządzającym Strefą jest Suwalska Specjalna Strefa Ekonomiczna S.A., która odpowiedzialna jest za sprzedaż terenów inwestycyjnych oraz wydawanie zezwoleń na prowadzenie działalności gospodarczej. Takie rozwiązanie prawne powoduje, że proces przygotowania działalności na terenie Strefy jest krótki i nieskomplikowany a zainteresowany przedsiębiorca ma możliwość załatwienia najważniejszych spraw w jednym miejscu.
Istotnym elementem działalności Spółki jest budowa nowoczesnej infrastruktury technicznej umożliwiającej inwestorom tworzenie nowych przedsiębiorstw oraz poprawiającej warunki funkcjonowania już istniejących. W okresie 12lat działalności Suwalskiej Specjalnej Strefy Ekonomicznej przeznaczono na ten cel około 22 mln złotych tworząc cztery nowoczesne obszary przemysłowe.